A Câmara dispõe também de Comissões, que são órgãos internos, constituídos pelos Vereadores, destinadas a proceder estudos, emitir pareceres ou realizar investigações. As Comissões são organizadas segundo os diversos assuntos de competência do Município, podendo ser Permanentes ou Temporárias (Comissões de Assuntos Relevantes, Comissões de Representação, Comissões Processantes e Comissões Especiais de Inquérito).
As Comissões Permanentes estudam os assuntos submetidos ao seu exame, emitem pareceres e, se for o caso, até preparam projetos sobre sua especialidade. O Regimento Interno da Câmara Municipal de Anhembi estabelece os normas para eleição de seus membros e os casos de sua destituição, regras para seu funcionamento, a forma de indicação dos respectivos presidentes, suas atribuições e outras normas sobre a competência exclusiva da cada comissão.
Os projetos em tramitação na Câmara são distribuídos as Comissões competentes, para cada uma opinar sobre as questões de sua especialidade, aprimorando a técnica legislativa e aprofundando a discussão sobre as matérias a serem transformadas em normas legais, a fim de que o Poder Legislativo atenda mais acertadamente à comunidade.